Pisiga Choque se compone de dos sectores con diferentes composiciones vegetales. El primer sector es parte del gran bofedal de Colchane, uno de los humedales más amplios de Chile, caracterizado por plantas en cojín como Oxychloe andina y Zameioscirpus atacamensis, mezcladas con pastizales y pajonales. El segundo sector se alimenta de una vertiente del Río Colchane y presenta una vegetación diversa que varía según el gradiente de hidratación. Los humedales enfrentan problemas debido a la falta de manejo y mantenimiento de los canales, lo que provoca pérdida de agua por infiltración hacia el Salar de Coipasa.